Au début des années 90, un retour vers les motos «basique» s’amorce. Yamaha n’est pas en reste et lance en 1995 son nouveau roadster sur une base bien connue (la FJ1200) le 1200 XJR. La comparaison entre les deux modèles s'arrête là car; pour ce qui est du reste, tout est très différent.
La partie cycle de cette XJR est beaucoup plus classique avec un; cadre double berceau en tubes d'acier soudés, des suspensions traditionnelles dont on retrouve, à l'arrière, les deux amortisseurs à disposition latérale.
Dans un modèle Roadster, c'est avant tout l'efficacité qui est recherchée. Le choix de solutions techniques déjà bien éprouvées a un effet bénéfique sur le prix, ce qui est l'une des composante du succès de ce type de moto.
Conscient de l'efficacité de cette nouvelle XJR et par tant du principe que la compétition est un bon vecteur publicitaire, Yamaha Moto France n'hésite pas à créer une formule de promotion baptisée XJR Cup.
En 1996 la seule modification qui apparaît se rapporte à la commande de starter rendue plus accessible.
L’arrivée sur le marché du 1200 Bandit à un prix beaucoup plus bas vas inciter Yamaha à revoir son tarif à la baisse. En 1997, deux modèles de XJR 1200 sont commercialisés : une version dite Standard et une version SP "King Replica". La version Standard reçoit quelques améliorations que l'on retrouve également sur la version SP. Ce sont :
- Une nouvelle roue libre de démarrage à plusieurs galets de coincement alors que, précédemment, c'était une roue libre à 3 galets.
- Un circuit électrique étudié pour recevoir, sans modification, une alarme.

La version SP reçoit en plus :

- Une nouvelle fourche avant équipée de réglage de tarage de ressorts.
- Deux amortisseurs arrière de marque Öhlins.
- Un système de réglage des leviers d'embrayage et de frein avant.
- Une selle d'un nouveau dessin et avec un revêtement plus accrocheur.
- Une chaîne secondaire avec une finition de couleur or.
- Un échappement Devil du type 4 en 1

En 1998, Yamaha lance sur le marché japonais la version le 1300 cm3 de la XJR. Elle sera commercialisé en France fin 1999.

En 2007, le moteur reçoit un nouvel arbre à came, un nouvel échappement et une injection électronique.